Bloqueando o acesso a arquivos fora da raíz (Apache)

Você deseja que os arquivos fora do seu diretório WEB não sejam acessíveis através do site.

É fácil. Com um pouquinho de conhecimento, edite o arquivo httpd.conf.

<Directory />
    Order deny,allow
    Deny from all
    AllowOverride None
    Options FollowSymLinks
</Directory>

<Directory "/var/www/htdocs">
    AllowOverride All
    Order allow,deny
    Allow from all
</Directory>